آقای ملکزاده در نامهای که روز شنبه ۳۰ آبان منتشر شده است، دلایل استعفای خود را «مدیریت بسیار غلط و پرتناقض در پاندمی کرونا، اظهارات غیرعلمی و معرکهگیری وزیر بهداشت درباره تولید واکسن کرونا و ادعاهای بیاساس مبنی بر تاثیر داروهای گیاهی و طب سنتی بر کرونا» عنوان کرده است.
معاون تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت در توضیح استعفای خود خطاب به سعید نمکی گفته است که «مدیریت بسیار غلط، پرنقص» وزیر بهداشت در پاندمی کرونا که ناشی از «عدم مشورت و توجه به توصیهها و هشدارهای متخصصان و محققان نظام سلامت» بوده است، «موجب تلفات انسانی بسیار در ایران شده است».
وی همچنین گفته است دیگر دلیل استعفای وی «اظهارات غیر علمی و ناشی از شتابزدگی جنابعالی (وزیر بهداشت) در مورد تولید واکسن ایرانی کرونا [است] که هنوز در حال طی مراحل اولیه بوده و شما مدعی معرکه گرفتن برای تولید آن شدهاید».